Hier vind u een lijst met alle afleveringen van seizoen 1. Trailers zijn momenteel nog niet beschikbaar. Deze moeten nog gemaakt worden.
Aflevering 01 - Rising (deel 1) De expeditie reist naar Atlantis in de Pegasus Galaxy. Daar komt het team te weten dat het schild aan het begeven is. Op zoek naar een evactuatie planeet, reist het team naar Athos waar ze Teyla ontmoeten. |  |
Aflevering 02 - Rising (deel 2) Col. Sumner en Teyla zijn gevangen genomen door een Wraith dart. Sheppard wil hun gaan redden door een Puddle Jumper te gebruiken maar Weir aarzelt. Het schild begeeft en Atlantis stijgt naar de opervlakte. |  |
Aflevering 03 - Hide and seek Jinto, een Athosiaanse jongen raakt verdwaald bij het spelen van verstoppertje. Een vreemde schaduw eet de energie van de naquadah generatoren op. Dan valt het Ford aan. McKay zit vast in een Ancient persoonlijk schild. |  |
Aflevering 04 - Thirty-eight minutes Op de terugweg naar Atlantis raakt de Puddle Jumper vast te zitten in de Stargate. Sheppard is ernstig gewond geraakt op de planeet. Een Ratis-insect is aan zijn nek geklamt. Het team heeft 38 minuten de tijd. |  |
Aflevering 05 - Suspicion Het team wordt bij elke missie aangevallen door de Wraith. Sergant Bates vermoedt dat het een Athosiaan is. Uit onderzoek blijkt dat Teyla haar halsketting hun positie verraadde. Het team gebruikt in hun voordeel. |  |
Aflevering 06 - Childhood's end Bij het verkennen van een planeet stort de Puddle Jumper plotseling neer. Het team gaat op onderzoek uit en komen in contact met mensen die niet ouder zijn dan 25 jaar. McKay vindt een ZPM dat een schild vormt. |  |
Aflevering 07 - Poising the well Het team ontmoeten de mensen van Hoff. De leider vertelt dat ze een product hebben waardoor de Wraith niet meer zich kunnen voeden. Maar het enzym heeft een grote bijwerking. Het doodt ook de Wraith. |  |
Aflevering 08 - Underground Teyla stelt het team voor aan de Geni. Op eerste zicht een boerenvolk maar schijn bedriegt. McKay merkt dat ze een atoombom aan het bouwen zijn om een korfschip te vernietigen. |  |
Aflevering 09 - Home Het team is op een planeet die bedekt is met mist. McKay denkt dat hij een verbinding kan maken met Aarde. Eens op Aarde wordt Weir uit haar commando gezet, is de ZPM leeg. Sheppard vermoedt dat hier iets niet klopt. |  |
Aflevering 10 - The storm Een zware storm nadert Atlantis. Iedereen op het vasteland wordt geëvacueerd. De Geni vallen Atlantis binnen en gijzelen Weir en haar personeel. Ondertussen nadert de storm. Sheppard probeert een deal te sluiten. |  |
Aflevering 11 - The eye McKay en Weir zijn nog gevangen door Kolya. McKay denkt dat hij het schild kan activeren. Sheppard probeert ondertussen Weir en McKay te redden. Beckett, Teyla en Ford komen helpen. |  |
Aflevering 12 - The defiant one McKay oefent het besturen van een Puddle Jumper. Zo komt hij uit op een Ancient sateliet. Bij het verkennen van de planeet vinden ze een Wraith cruiser. Maar er loopt na 10.000 jaar nog een Wraith rond. |  |
Aflevering 13 - Hotzone Bij het verkennen van nieuwe delen van Atlantis, raakt een groep besmet met een nano virus. Eén man doorbreekt de quarentine en besmet ook de mensen in de refter. Alleen een EMP kan hun nog redden. |  |
Aflevering 14 - Sanctuary Sheppard wordt aangevallen door darts. Hij wordt gered door een engeriegolf die de darts vernietigd. Op de planeet ontmoet hij een mooie vrouw Chaya. McKay ontdekt dat Chaya eigenlijk een geascende Ancient is. |  |
Aflevering 15 - Before I sleep Het team is geschokt wanneer ze in een ruimte een vrouw in stasis vinden. Ze herwekken haar en zij beweert dat ze Weir is. Ze was terug in de tijd gereist om te voorkomen dat iedereen zou sterven bij het arriveren in Atlantis. |  |
Aflevering 16 - The brotherhood Het team reist naar een planeet op zoek naar een ZPM. Ze moeten de puzel van de Broederschap oplossen. Kolya en zijn mannen zijn er ook en valt het team aan. Het team slaat terug. |  |
Aflevering 17 - Letters from Pegasus McKay denkt dat hij een verbinding kan maken met Aarde voor 0,3 seconden. Daarmee kunnen ze missiebriefings, info over Atlantis en de Wraith naar Aarde sturen en dat ze binnenkort worden aangevallen. |  |
Aflevering 18 - The gift Teyla heeft nachtmerries. Beckett merkt dat ze Wraith DNA in zich heeft. Ze kan een mentale link maken met de Wraith. Maar dan loopt het mis wanneer de Wraith de verbinding overneemt en Teyla beheerst. |  |
Aflevering 19 - The siege (deel 1) De Wraith komen steeds dichter. McKay en Grodin proberen de Ancient sateliet te herstellen om zo de korfschepen te vernietigen. Ondertussen zoekt Sheppard angstig naar een goede Alpha site. |  |
Aflevering 20 - The siege (deel 2) De SGC stuurt manschappen naar Atlantis om de stad te verdedigen tegen de Wraith. Col. Everest heeft een plan om de stad te verdedigen. Weir probeert de Geni te overtuigen om hun atoombommen te lenen. |  |
